Treťou časťou chrámu je oltárny priestor. Kedysi bol oltárny priestor od chrámovej lode oddelený len nízkou priečkou, ktorá vyznačovala osobitný liturgický priestor s obmedzeným prístupom. Táto priečka však nebránila laikom vidieť oltárny stôl a všetko, čo sa odohrávalo v oltárnom priestore. Neskôr boli namiesto priečky postavené stĺpy, ktoré takisto dovoľovali vidieť do diania v oltárnej časti. Na konci prvého tisícročia bol na tieto stĺpy pripevnený záves, ktorý sa v určitých časoch zaťahoval. Vďaka tomuto opatreniu už nebolo možné vždy vidieť dianie v oltárnom priestore. Až v 14. storočí sa tieto stĺpy premenili na stenu pokrytú ikonami, ktorá laikov bránila v pohľade, s výnimkou okamihov, keď sa otvárajú dvere tejto steny.

Stena s ikonami sa nazýva „ikonostas“. Slovo „eikonostasion“ pochádza z gréckych slov „eikon“ (ikona, obraz) a „stasis“ (stáť) alebo „staon“ (stojan). Ikonostasy sú rozšírené vo všetkých chrámoch byzantského obradu. Môžu mať rôzne formy, základné prvky však zostávajú konštantné. Tu si všimneme klasickú verziu päťradového ikonostasu:

Najspodnejší rad ikonostasu obsahuje ikony, ktoré znázorňujú udalosti zo Starého zákona: vyhnanie z raja, potopu, Abrahámovo obetovanie Izáka, exodus Izraelitov z Egypta, Samuelovo pomazanie Dávida na kráľovský trón atď. Ikony na ikonostase plnia dve funkcie: majú pútať pozornosť veriacich a poučovať ich. V minulosti, keď mnohí ľudia nevedeli čítať, ikony plnili úlohu knihy. Ľudia mali z nich odčítať, čo bolo napísané v Biblii. Preto majú obrazy zo Starého zákona na ikonostase predovšetkým katechetický význam. Napriek svojmu dôležitému katechetickému významu sa dnes tento rad na ikonostasoch objavuje len veľmi zriedka.

Druhý rad zahŕňa dve hlavné ikony, ktoré sú na každom ikonostase. Ide o ikony Ježiša Krista (vpravo) a Božej Matky (vľavo). Aj v chrámoch, ktoré z rôznych dôvodov nemajú ikonostas, sa veriaci snažia mať tieto dve ikony. V niektorých chrámoch stoja/sedia muži na strane ikony Ježiša Krista a ženy na strane ikony Božej Matky.

V druhom rade sú umiestnené aj ďalšie ikony. Na pravej strane sa zvyčajne nachádza ikona patróna chrámu. Na ľavej strane je ikona svätého, ktorého si zvlášť uctieva miestna cirkevná obec modliaca sa tomto chráme. V byzantských chrámoch vo východnej Európe sa na tomto mieste nachádza zvyčajne ikona svätého Mikuláša.

V prvom a druhom rade sú ikony oddelené tromi dverami. Uprostred sa nachádzajú dvojkrídlové dvere, ktoré sa nazývajú aj „kráľovské/cárske“. Tento názov pripomína minulosť, keď chrámy ešte nemali ikonostasy, ale mali ešte predsiene a vo veľkých katedrálach boli podobné dvere medzi predsieňou a chrámovou loďou. Pri osobitných slávnostiach sa vstupovalo do chrámu cez tieto dvere. Keď do chrámu prichádzali panovníci alebo šľachtici, používali práve tieto dvere. Odtiaľ pochádza aj ich názov. Dnes sú to dvere uprostred ikonostasu. Počas bohoslužieb sú zvyčajne otvorené a poskytujú voľný pohľad na oltárny stôl a dianie v oltárnej časti. Mimo bohoslužieb sú však tieto dvere zatvorené. Počas bohoslužieb smú cez kráľovské dvere prechádzať biskupi, kňazi a diakoni, ale len vtedy, keď to dovoľuje liturgický poriadok. Kráľovské dvere musia obsahovať päť ikon.

V strede sa nachádza ikona Zvestovania, ktorá znázorňuje archanjela Gabriela, ako oznamuje Panne Márii, že porodí Ježiša. Keďže kňaz alebo diakon vychádza týmito dverami, aby čítal z evanjelia alebo predniesol kázanie, ikona Zvestovania má na tomto mieste osobitný symbolický význam.

Okolo ikony Zvestovania sú zoskupení štyria evanjelisti. V Biblii sa píše, že prorok Ezechiel (Ez 1,10) mal videnie Božieho posla, ktorý mal krídla a štyri tváre (človeka, leva, býka a orla). V kresťanskej tradícii sa tieto tváre stali symbolmi štyroch evanjelistov. Preto sú na Kráľovských dverách vyobrazení štyria evanjelisti s postavami, ktoré ich symbolizujú: Lukáš s okrídleným mužom, Marek s okrídleným levom, Matúš s okrídleným býkom a Ján s orlom.

Za kráľovskými dverami na strane oltárneho priestoru sa nachádza záves, ktorý je zatiahnutý, keď sa v chráme nekoná bohoslužba. Keď sa však koná bohoslužba, záves sa odtiahne. Počas niektorých bohoslužieb (napr. pri modlitbe hodiniek) sú Kráľovské dvere zatvorené, ale záves je odtiahnutý. Vo väčšine jazykov sa tento záves nazýva pôvodne grécky „katapetasma“, čo znamená jednoducho „záves“. V skutočnosti ide o pozostatok závesov, ktoré oddeľovali oltárny priestor od chrámovej lode, keď ešte neexistoval ikonostas. V odbornej literatúre sa vysvetľuje, že tento záves je kópiou opony, ktorá visela v Jeruzalemskom chráme a roztrhla sa zhora nadol, keď Kristus zomrel na kríži.

Na oboch stranách ikonostasu sa nachádza dvoje menších dverí. Môže ich použiť každý, kto chce vstúpiť do oltárneho priestoru. Keďže ich počas božskej liturgie často používajú diakoni, nazývajú sa diakonské dvere. Visia na nich buď ikony svätých diakonov Štefana a Vavrinca, alebo ikony dvoch anjelov. Zameniteľnosť ikon diakonov a anjelov pochádza z toho, že diakoni sú symbolmi anjelov, keďže ohlasujú Božie slovo, tak ako anjel povedal Panne Márii, že porodí Ježiša, a apoštolom pri svätom hrobe oznámil, že Kristus vstal z mŕtvych.

Tretí rad obsahuje ikony dvanástich veľkých sviatkov: Narodenie Bohorodičky, Povýšenie Kríža, Vstup (Obetovanie) Bohorodičky do chrámu, Narodenie Pána, Bohozjavenie, Stretnutie (Predstavenie) Pána, Zvestovanie (Pána) Bohorodičke, Vstup Ježiša do Jeruzalema (Kvetná nedeľa), Nanebovstúpenie Pána, Päťdesiatnica (Zostúpenie Svätého Ducha), Premenenie Pána a Zosnutie (Nanebovzatie) Bohorodičky.

Štvrtý rad obsahuje ikony apoštolov. Hoci mená dvanástich apoštolov sú uvedené v evanjeliách, liturgická tradícia zmenila zoznam ich ikon na ikonostase. Ježiš Kristus povolal do apoštolskej služby Petra, Jakuba Staršieho (syna Zebedejovho), Jána, Andreja, Filipa, Bartolomeja, Matúša, Tomáša, Jakuba Mladšieho (syna Alfejovho), Júdu Tadeáša, Šimona Horlivca a Judáša Iškariotského.

Keďže Judáš Iškariotský zradil Krista a neskôr sa obesil, apoštoli namiesto neho zvolili Matúša. Je preto ľahko pochopiteľné, že ikonostas ukazuje ikonu Matúša, nie však Judáša Iškariotského.

Rola svätého Pavla je v tejto súvislosti spojená s určitými problémami. Hoci nepatril medzi dvanástich apoštolov, jeho popularita v Cirkvi bola taká veľká, že bolo nemožné neumiestniť jeho ikonu medzi ikony apoštolov. Na druhej strane však existovalo len dvanásť apoštolov. Umiestnenie ikony trinásteho apoštola by vyvolalo mnoho otázok. Tak sa vyvinula tradícia, že sa neinštaluje ikona Júdu Tadeáša, ale ikona apoštola Pavla. Tým sa dosahujú dva ciele: ikonostas zobrazuje 12 apoštolov a zobrazuje aj svätého Pavla. Dnes je nemožné vysvetliť, prečo práve apoštol Júda Tadeáš musel ustúpiť.

Keďže všetci apoštoli (s výnimkou Jána) zomreli ako mučeníci, na ikonách sú zobrazovaní s nástrojmi svojej smrti.

V strede radu apoštolov sa nachádza ikona Krista Pantokrátora. Grécke slovo „Pantokratoros“ znamená „Vševládca“. Táto ikona zobrazuje Ježiša Krista v podobe kráľa. Sedí na tróne, je odetý do kráľovských šiat a drží symboly kráľovskej moci: globus cruciger (doslova: sféra nesúca kríž, najčastejší preklad: kráľovské jablko) a žezlo. Táto ikona ukazuje Krista ako pravého kráľa celého sveta.

Piaty rad obsahuje ikony starozákonných prorokov. Nachádzajú sa tu proroci, ktorí zanechali spisy prijaté do Biblie, ale aj proroci, ktorí sú spomenutí v Biblii, ale nezanechali žiadne vlastné texty.

Záver ikonostasu tvorí kríž s ukrižovaným Kristom. Niekedy sú na oboch stranách kríža vyobrazené ikony Božej Matky a apoštola Jána, tak ako stáli pri Ježišovi na kríži na Golgote v posledných chvíľach jeho pozemského života.