Rovnako ako v Antiochii, aj v Konštantínopole Ján kázal v určitých časoch až dvakrát týždenne. Prispôsobil sa novému publiku. Jeho štýl sa stal menej ľudovým, ale zato  kultivovanejším. Avšak pred odporom, na ktorý narážal, sa zatvrdzoval a bol čoraz tvrdohlavejší. Hromžil proti verejným zábavám a luxusu vedúcich tried, čím si proti sebe poštval vplyvné kruhy. Jeho morálne požiadavky odrádzali aj biskupov a duchovenstvo, ktorí sa snažili nepohodlnému mníchovi nastražiť pasce. Účinnosť jeho konania závisela – podobne ako úspech intríg proti Jánovi – v konečnom dôsledku od postoja cisárskeho dvora. Samotný cisár bol slabý, no jeho manželka Eudoxia a jej dvorné dámy boli veľmi mocné.

Ťažkosti sa začali, keď sa biskup postavil proti bezohľadnému ministrovi Eutropiovi, ktorý chcel zrušiť právo Cirkvi poskytovať azyl, ktoré Cirkev zdedila po pohanských chrámoch. Eutropius, ktorý sa dostal do nemilosti, sa teraz sám odvolával na právo Cirkvi, ktoré chcel zrušiť; po jeho páde nasledovalo vyhnanstvo a smrť. Pre Jána bol Eutropiou pád ďalšou príležitosťou preukázať svoju brilantnú rétoriku (Oratio in Eutropium). Konštantínopol opäť počul rečnícku silu, akú v Grécku od čias Demosthena už nikdy nebolo počuť. Odhalil márnivosť všetkej ľudskej veľkosti: „Bol to sen jednej noci, a všetko sa rozplynulo cez deň. Boli to kvety jari. Jar pominula a všetky zvädli.“12

V roku 402 sa mal alexandrijský patriarcha Teofil zodpovedať v Konštantínopole v jednej disciplinárnej záležitosti – jeho exkomunikovanie 50 egyptských mníchov. Šikovnou taktikou Teofil obrátil situáciu a z obžalovaného sa stal žalobca. Až v auguste 403 sa objavil v hlavnom meste a na cisárskom panstve „Pri dube“ pred bránami Chalcedónu zhromaždil 36 biskupov, ktorí Jána v neprítomnosti odsúdili a zbavili ho úradu („Synoda pri dube“). Ústupčivý cisár podpísal. Ján bol deportovaný na druhú stranu Bosporu, ale tento exil trval len niekoľko dní; zemetrasenie a potrat cisárovnej podnietili cisárovnú, aby Jána nechala priviesť späť. Tento proces je príznačný pre svojvoľné opatrenia štátnej cirkvi.

Mier však netrval dlho. Ján opäť a ešte ostrejšie pranieroval luxus a márnotratnosť; nepochybne zašiel príliš ďaleko, čím si definitívne vyslúžil nepriateľstvo cisárovnej. Ján nevyhovel cisárovej výzve, aby opustil svoj úrad. A tak biskupa počas veľkonočných sviatkov v roku 404 zatkli v jeho katedrále a začiatkom leta deportovali.

Nové vyhnanstvo bolo mučivé. Jána odviezli do jednej osady v Kapadócii, Kukusus na arménskej hranici. Podnebie bolo drsné. Napriek zhoršenému zdraviu Ján zostal v živom listovom kontakte so svojimi stúpencami v Konštantínopole (zachovalo sa 236 listov). V nich sa Ján usiluje skôr utešovať než byť utešovaný, v skúškach myslel na ostatných. Napísal 17 listov zasvätenej panne Olympias, sú to jeho najdlhšie a najsrdečnejšie listy; sú to aj prvé listy duchovného sprievodcu. Podozrenie vzbudzovali jeho početné kontakty, a tak sa rozhodlo o jeho ďalšom vyhnanstve do Pityusu na východnom pobreží Čierneho mora. Na ceste tam Ján zomrel 14. septembra 407. Jeho posledné slová boli: „Bohu buď chvála za všetko!“13

Celý človek je v tom, čo hovorí. Stačí, že hovorí, a už sa cíti lepšie. No nehovorí, aby sa počúval – pokušenie, ktorému podľahli aj tí najlepší –, ale aby poučoval, napomínal, obnovoval, horlivo sa snažil vykoreniť pohanské zvyky a zasadiť morálku evanjelia. Ján je reformátor, misionár.

Hoci nie je originálnym teológom, je neporovnateľným dušpastierom. Nemá nič z poézie Gregora z Nazianzu, nie je vodcom a organizátorom, akým bol Bazil Veľký, ale svojou psychologickou bystrosťou a hlbokým vplyvom svojho rečníckeho talentu prevyšuje všetkých cirkevných otcov. Aj v najtemnejších hodinách zneli jeho reči s takou presvedčivou silou, akú starovek poznal len od Cicera a Demosthena.

Jánova kazateľská činnosť mala – vedľa Gregora z Nazianzu –značný ohlas v byzantskej cirkvi: bola čítaná, prepisovaná, prekladaná a napodobňovaná. Zo všetkých cirkevných otcov je to práve on, ktorého kázne vyzerajú najmenej zastarané. Niektoré z jeho morálnych a sociálnych kázní sa zdajú byť napísané pre dnešnú dobu. Je cťou pre cirkev, že medzi svojich členov môže počítať aj takých mužov, ktorí nikdy neuzavreli dohodu s mocou a peniazmi a postavili sa na stranu chudobných.