Alexandria v Cirkvi 4. storočia vynikla obranou nicejského učenia. Nástupcovia Atanáza zostali verní tejto línii, ale zároveň sa snažili posilniť autoritu biskupskej stolice, koniec-koncov s cieľom získať mocenskú prevahu na kresťanskom Východe. Spor o postavenie sa dramaticky vyostril v konflikte medzi Teofilom a Jánom Zlatoústym. V tom čase sa zdala byť priaznivá príležitosť presadiť autoritu Alexandrie v Konštantínopole a Antiochii súčasne. Na „Synode pri dube“, ktorá viedla k zosadeniu Jána, Teofila sprevádzal jeho synovec Cyril.

Cyril bol svojím strýkom vyvolený za nástupcu, čo ho priťahovalo viac k ctibažnosti ako k svätosti. Teofil sa postaral o náboženskú a teologickú výchovu svojho synovca; jeho profánne vzdelanie bolo skôr skromné. Isté je, že nejaký čas strávil u mníchov. Ale pre takýto život zjavne nebol stvorený. Izidor z Pelusia mu v liste vyčíta, že vo svojom srdci prechováva hluk a zmätok miest.

Keď v roku 412 zomrel Teofil, jeho nástupcom sa stal Cyril. Musel byť ešte mladý, keďže vo funkcii zotrval 30 rokov. S funkciou zdedil vlastnosti svojho strýka, dobré aj zlé. Jeho pravovernosť a životný štýl boli bezúhonné, avšak od Teofila zdedil nielen ctibažnosť, ale aj pomstychtivosť. Napriek rímskemu protestu sa zdráhal zapísať meno Jána Zlatoústeho do diptychov (zoznamov biskupov). Prijatie nepriateľa považoval za niečo rovnaké s vrátením Judáša do kolégia apoštolov.

Na rozdiel od svojho strýka sa Cyril vyznal v teológii. Celý život zostal učencom; vždy sa snažil vysvetľovať učenie Písma a Tradície. Veľké teologické kontroverzie členia jeho dielo na dve časti: prvá časť trvá do roku 428 a je venovaná exegéze a antiarianistickej polemike; v druhej časti, až do svojej smrti, bojuje proti nestorianizmu.

Rozsiahla exegetická práca Cyrila nie je najlepšou časťou jeho diela. Alexandrijský biskup nasledoval teologickú tradíciu svojho mesta, ktorú preslávil predovšetkým Atanáz; meno Didymus Slepý zamlčal, pretože spomenutý bol žiakom Origena. Cyril nebol natoľko objektívny, aby dokázal učiniť Origenovi zadosť; skôr ho kritizoval za to, že napodobňoval „táranie Grékov“. Cyril sa postavil aj proti antiochijskej škole, bez toho, aby sa namáhal ju pochopiť alebo sa inšpirovať jej metódami. Nešťastím tohto muža je, že nedokáže odlíšiť ľudí od ich náuk a nedokáže prekonať svoju nezmieriteľnosť. Nedokáže zabúdať.

Veľké teologické diela Cyrila majú polemický charakter.2 Tu bol vo svojom živle. Lákalo ho vyhľadávať a vyvracať herézy. Jeho prvé diela boli namierené proti ariánom – tak ako všetky jeho teologické spisy sú namierené proti niekomu. O dialógu nevedel nič. Prísne sa pridržiaval myšlienok svojho slávneho predchodcu Atanáza.

Neskôr (okolo roku 435) napísal rozsiahle apologetické dielo: „Za sväté náboženstvo kresťanov proti knihám bezbožného Juliana“ (Contra Iulianum). Z toho možno usúdiť, že pohanstvo v Egypte pretrvávalo až do 5. storočia. Najjasnejšie teologické dielo Cyrila je venované vyvráteniu téz Nestória.

Tvrdohlavo a usilovne sa snažil presne a jasne opísať tajomstvá viery. Kým jeho myslenie je uzavreté, štýl je monotónny a rozvláčny. Cyril sa vyjadroval skôr s dôrazom ako s eleganciou. Od klasikov sa už vzdialil a otvoril éru byzantinizmu.

Cyril bol teológ a praktik v jednej osobe, pričom bol skôr cirkevným hodnostárom ako duchovným pastierom. Miloval diskusie a prejavoval v nich rovnakú strohosť ako vo svojich doktrinálnych výrokoch. Bol od prírody hádavý. Rovnako ako rečník potrebuje publikum, Cyril potreboval protivníka – to bolo tajomstvom jeho úspechov a ospravedlnením jeho konania.